清理: 根目录散乱文件归位

- 删根 9 个构建/换装日志(*.log 本已 gitignore,属磁盘残留)+ 根 todo.md(陈旧副本,真板为 docs/todo.md)+ .dockerignore(无 Dockerfile)
- 根 swap-install.ps1(v3 加固版)迁 scripts/,替换其中陈旧 43 行版(句柄探测/SHA256 校验/重试/自清理)
- dev-tools.bat / dev-server.bat 迁 scripts/
- Batch.md / PROGRESS.md 迁 docs/07-项目管理/,同步修正 5 处指向根的文档链接
- .gitignore 补 /swap-install.lock(v3 运行期锁)

docs/README.md

@@ -9,7 +9,7 @@
 - [DevFlow 使用手册](./08-用户指南/使用手册-2026-06-12.md) - 完整的使用指南，包含功能介绍、操作流程和最佳实践
 
 ### 📋 项目进度
-- [PROGRESS.md](../PROGRESS.md) - 项目开发进展与交接记录
+- [PROGRESS.md](./07-项目管理/PROGRESS.md) - 项目开发进展与交接记录
 
 ## 🎯 核心理念